Le sostanze venevoli contenute nell'acqua inquinata provocano, oltre che allo squilibrio degli ecosistemi, anche danni alla salute dell'uomo, tra gli inquinanti più pericolosi vi sono, infatti, il mercurio, l'arsenico, il piombo e il cromo. Gli ecosistemi lacustri sono particolarmente sensibili all'inquinamento, giacché l'eccessivo utilizzo di fertilizzanti dilavati dai terreni agricoli, può avviare un processo d'eutrofizzazione, (crescita smisurata della flora acquatica), soprattutto quando le acque sono molto calcaree. Un'altra fonte d'inquinamento idrico è costituita dalle piogge acide.